Vidusskolas pirmajā dienā Kuroi Mato satiek meiteni Takanashi Yomi, kura, kā vēlāk izradās, ir viņas klasesbiedrene. Lai arī abas meitenes ir pavisam atšķirīgas, starp viņām izveidojas ļoti siltas un draudzīgas attiecības. Nākamajā mācību gadā katra tiek savā klasē un stiprā meiteņu draudzība pamazām sāk jukt….
Bet tajā pašā laikā, citā pasaulē, meitene pazīstama kā Black Rock Shooter satiek savu ienaidnieci-nekromanceru un cīņa uz dzīvību un nāvi ir sākusies.
Pasaulē, kas pārcietusi karu un kura ir pārvedusies tuksnesī, vēl joprojām ir dzīvība. Tajā dzīvo karu pārdzīvojušie cilvēki, tuksneša radības un kāda jauna rase, kurai piemīt īpašas spējas. Jaunā rase sevi dēvē par ‘Trešo’. Nosaukuma ir acīmredzams pamats, jo visiem šīs rases pārstāvjiem uz pieres atrodas trešā acs. Taču ne par to ir stāsts. Stāsts ir par kādu jaunieti vārdā Honoka. Viņa mēģina nodrošināt sev iztiku pildot gadījuma darbus. Vienīgais darbs, ko viņa nepieņemtu ir pasūtījuma slepkavība. Honoka nav vienkārša meitene. Viņai ir uzticams biedrs – tanks un Honoka spēj meistarīgi rīkoties ar zobenu. Kādu dienu tuksnesī viņa sastop jaunu un mazliet dīvainu vīrieti vārdā Iks. Tā nu sākas viņu kopējais ceļojums jaunajā, vientuļajā un tuksnešainajā pasaulē.
Kyouske Date ir puisis, kam liktenis ir bijis skarbs. Viņš ir bijis spiest pamest savas mājas, kuras tika iznīcinātas un viņa ģimene ir tikusi vajāta. Tas viss beidzas ar to, ka viņš saņem naža dūrienu krūtīs un ir pārliecināts, ka priekš viņa rītdiena nepienāks. Tomēr viņš kļūdījās. Rītdiena pienāca un viņš izdzīvoja. Viņš pamostas kādas meitenes vārdā Runa mājā un tiek konfrontēts ar ziņu, ka Runa esot viņa māsa. Tā nu sākas Kyouskes piedzīvojumi viņa identitātes un īstās māsas meklējumos.
Tālā nākotnē kādā vietā sauktā par Romdo cilvēki aizvada laimīgas dzīves, kurās viņiem asistē autonomi roboti, kuru vienīgais mērķis ir palīdzēt savam saimniekam. Taču šai šķietami ideālajai sabiedrības fasādei ir savas plaisas. Ne viss ir tik harmoniski un ideāli kā Romedeo vadītājs to vēlētos, jo pilsētas iedzīvotāju dzīves regulāri patraucē kāds robots, kurš ir inficējies ar Cognito vīrusu un tādējādi zaudējis savas maksimas. Šajā momentā spēlē iesaistās Vincents Laws, imigrants, kura uzdevums ir nomedīt šādus robotus, un Re-l Mayar, kuras uzdevums ir izmeklēt ar inficētiem robotiem saistītus atgadījumus. Ne viens no viņiem nenojauš kā viens atgadījums viņu dzīvēs izmainīs viņu uztveri gan par pasauli, gan par lietu būtību.
Ceļā uz mājām no skolas izbrauciena uz Kyoto vilciens cieš katastrofā iebrūkot tunelim. Vienīgie izdzīvojušie ir Teru Aoiki un divi klasesbiedri Ako Seto un Nobuo Takahashi. Teru nolemj, ka ir jātiek uz virszemes, jo tunelī viņiem visiem ilgi neizdzīvot. Bet kad Teru un Ako tiek virszemē, viņiem acu priekšā paveras prātam neaptverams skats – visapkarāt ir redzama izpostīta ainava pārklāta ar pelniem. Kas tādu postu ir izraisījis? Vulkāns? Dabas paradība? Ātomkarš?
Ir 2130 gads. Pēc III pasaules kara visā Japānā ir izveidojušās lielas iznīcinātas vietas – Blackspot`i. Šie Blackspot’i atrodas zem karantīnas un ir atdalīti no ārpasaules ar lielām sienām. Bet aiz sienām ir palikuši un atstāti aizmiršanai izdzīvojušie – “nevienam nevajadzīgie.” Starp šiem izdzīvojušajiem ir atrodami cilvēki, kuri ir apveltīti ar kādu no fragmentiem – uguns, vējš, spēks, ūdens…., kas piešķir viņiem pārdabiskas spējas. Pārējie, baidoties no viņu spējam, nosauca tos par – Needless!
